1990 წლის 28 ოქტომბერს ოქტომბერს, ზაურ ქობალია, როგორც ეროვნულ-განმანთავისუფლებელი მოძრაობის საარჩევნო ბლოკის «მრგვალი მაგიდა-თავისუფალი საქართველოს» მიერ მაჟორიტარული სიით წარდგენილი დეპუტატობის კანდიდატი, არჩეული იქნა საქართველოს რესპუბლიკის უზენაესი საბჭოს დეპუტატად. 1990 წლის 9 აპრილს, მან კოლეგებთან ერთად ხელი მოაწერა «საქართველოს სახელმწიფოებრივი დამოუკიდებლობის აღდგენის აქტს». ის გახლდათ საქართველოს რესპუბლიკის უზენაესი საბჭოს პრეზიდიუმის წევრი და უზენაესი საბჭოს «ადამიანის უფლებათა დაცვის მუდმივმოქმედი კომისიის» თავმჯდომარე. 1991-92 წლების სამხედრო-კრიმინალური გადატრიალბის შემდეგ, ხელმძღვანელობდა დასავლეთ საქართველოს ეროვნული-დაუმორჩილებლობის კომიტეტს, პოლიტიკური მეთოდებით იბრძოდა საქართველოს სამხედრო ხუნტის წინააღმდეგ.

1993 წლის ბოლოს, საქართველოს რესპუბლიკის კანონიერი ხელისუფლების მეორედ განდევნისა და საქართველოს რესპუბლიკის პრეზიდენტის - ზვიად გამსახურდიას მკვლელობის შემდეგ, ზაურ ქობალია კვლავ დააპატიმრეს, ბრალად სამშობლოს ღალატი დასდეს და 13 წლით თავისუფლების აღკვეთა მიუსაჯეს. 7 წლიანი პატიმრობის შემდეგ, საქართველოს პარლამენტის მიერ 2000 წლის აპრილში მიღებული დადგენილების საფუძველზე, იგი პატიმრობიდან გაანთავისუფლეს.